书院是中国和周边如日本、朝鲜、越南等地古代教育制度有别于官学的另一种教育系统。
中国书院创始于唐代。唐初民间已经存在某些书院，攸县光石山书院和陕西蓝田的瀛洲书院、山东临朐的李公书院、河北满城张说书院一起，要算中国历史上最早的书院了。
唐开元六年（公元718年）设丽正修书院，负责校刊经籍，征集遗书、辨明典章、备顾问应对，不过这些并不是后世教学意义上的书院。唐昭宗大顺年间（890-891），江州陈氏设东佳书堂供子弟修学。这是最早的书院之一。这时已是唐末，书院就这样出现了。
由于中国传统的家族宗法意识影响，这时的书院尚是家族单独所属，并不像后来那样开放：
立书堂一所于东佳庄，弟侄子女生有赋性聪敏者令入学，稽有学成应举者。
这个陈氏家祖是在历史上留名的大族之一，历时三百多年后于北宋嘉佑年（1056-1063）间因统治者惧其家族势力过于强大，而下令分析为二百九十一庄散于各地。（义门陈氏）一者因为家族人数已达三千九百多人，再者因为家族中多有应试登科者。前者因为宗族意识，后者因为书院教育。
书院在义门陈氏宗族发展上起到提供教育提高族人文化素质的作用，同时，书院担当着家教的职责，深刻规范了族人的思想，并坚守着道德上的共识，从而在相对独立的一方生活空间里涵养出敦厚的家风，有助于家族的凝聚。书院也提供了一个参加科举的重要途径。
唐末及五代时期，由于时局不稳，官方教育并未起到很大作用，家族私人的书院便可以帮助本族子弟接受文化教育参加科考。大批同族子弟入仕也可以壮大家族势力，家族势力的庞大也使得陈氏能够在乱世中免于刀兵之祸，南唐开国皇帝李昪也不忘赐‘义门’匾额。由于外部强大官方政治力量干涉之后，家族被拆分各地。
宋崇宁间，此书院为儒学接管，并予以迁移，并借以义门的名誉，改称为“义门书院”，由县管理，家族经营的书院完全为官学掌握。有学者把东佳书院与皇寮、松州、梧桐书院列为唐代的四大书院，宋处东佳（义门）书院仍然很兴盛，受到最高统治者重视，当这种重视转变为对家族力量的担忧后，家族和书院一起受到打压，辉煌难再。宋代官府奖励，书院大兴，各地书院纷纷建立勃发，出现了宋代的“四大书院”，但并没有东佳（义门）书院。
书院盛于宋初。唐末五代时期，由于连年战乱，官学废弛，教育事业多赖私人讲学维持，宋初的统治者仍在忙于军事征讨，无暇顾及兴学设教，便鼓励私人讲学，于是书院遂得以进一步发展，形成影响极大、特点突出的教育组织。
这个时期形成了四大书院，最受公认的说法中国四大书院的说法是：湖南长沙的岳麓书院；江西庐山的白鹿洞书院；河南商丘城南的应天书院（睢阳书院）；湖南衡阳的石鼓书院或河南嵩山南麓的嵩阳书院。这些书院在官方的鼓励下兴建或复兴，促进当时的学术思想文化的发展，同时也是也起到了代替和补充官学的重要作用。
如在嵩阳书院，就先后有范仲淹二程司马光等人在此讲学。苏轼、周敦颐曾在石鼓书院讲学。应天书院也有晏殊讲会，范仲淹也在此进行过一系列的教育改革。这些书院也培育了大批知识分子，输送了很多有能之士。
当时局安定，政府再次兴起学校教育意图直接控制人才时，书院便受到了冷落。而且这些书院并不是直接为了科举服务，当另有他路时，不经科举难以入仕的读书人便更多的转向了官方的学校。
北宋时期书院整体有兴盛也有衰落，这是相对于读书人的偏好而言的。政治力量再次影响了书院的发展，虽然是一次小的波动。所以到了南宋时期，有识之士明确提出书院独特教育宗旨自觉地把书院与官学区别开来，反对书院成为科举的附庸，力图摆脱强大外部政治力量的干预。朱熹说“前人建书院，本以待四方友士，相与讲学，非止为科举”，希望使书院成为培养能传道济民的有用人才的场所。
然而摆脱是不可能的，能摆脱的也只是对官方对书院教学体制教学目的的干预，而且学习的最终目的仍是科举，这是无法回避的现实，想要安邦定国匡扶天下实现抱负，只有向政治力量屈服并成为它的一部分。倘若只是追求个人的自由解脱那已经不是儒家了。无论书院或是学校，都是教授儒家内容。不同的是，前者会有知名学者的个人看法，相较于官方体制多些自由探讨的风气。学者的看法被官方认可并成为权威，一些书院就会因为学者的原因而大兴起来，一些会受到压制。或者说书院只是一个载体，被压制的是其他的思想看法，有人称之为“异端”，典型的就属“庆元党禁”，政治斗争波及理学家，许多著名的学者受到牵连，人被放逐，著作被禁毁，这些人所创办的书院也受到打击。
每当政治力量认为书院代表的势力过于强大或影响自己的政策时，就会才取打压抑制乃至禁毁的手段，即便是支持书院的发展兴盛也不希望它自由风气大开。
元时期很多儒家知识分子由于种种原因无法或是不愿入仕途，退居山林建立书院自由讲学。政府奖励书院给它提各种支持，不过另一方面采取很多手段加以控制，通过委派山长或给山长授予官衔来掌握书院的领导权力，书院人员的职务也要由官府决定，书院学生的任用要由地方官吏推荐再视考核情况决定。官方压制，书院便不得发展或发展缓慢，这是无论如何都摆脱不掉的枷锁。而这是单向的压制，书院是没有机会也没有能力反抗的。只要最高层认为可行，所有书院便可立即毁掉，人员投进监牢施以酷刑。
明嘉靖年间最高统治者两次下令“申毁天下书院”，张居正当权时期也下令禁毁书院。在君主专制日益强化的明清时期，书院自由讲学的风气是不和谐的存在，为加强思想控制，必须对书院进行打压。值得一提的是，始于北宋，于明末复兴的东林书院，直接参与了明朝末年的政治斗争，这和以往书院的表现截然不同，尽管结果是失败的。斗争的过程曲折复杂，失败的代价血腥而残酷，天启五年(1625)，最高统治者下令“拆毁天下书院，首及东林”。
书院教育的精华在于思想自由不拘一格。随着王朝统治的愈发专制，对思想的控制更加迫切，两者之间的矛盾也激化至不可调和，而解决的手段只有后者对前者的大加挞伐。顾宪成“讲习之余,往往讽议朝政,裁量人物”，这封建时代是知识分子最后的胆量。有清一朝，学者不再言此。没有思想自由的知识分子，也就没有学风自由的书院。即使清代的书院数量超过了以前任何时代，也只是单纯的科举附庸。政治力量替换了书院的内核，不再让它学术风气自由。书院的建筑生员都在，自由的风气却消失殆尽。
战争也是政治的一种体现。每逢战争，大多书院必定被焚毁。
以岳麓书院为例，建于北宋初年，两宋之交，岳麓书院遭战火洗劫；
1275年元兵攻破长沙，岳麓书院几百名学生参与战斗，城破后自杀，岳麓书院被付之一炬；
（长沙就是潭州，在元灭南宋的过程中抵抗当属最激烈）
元末战乱再起，岳麓书院又于1368年（至正十八年）毁于战火；
1643年(崇祯十六年)，张献忠部队进攻长沙，与明朝官军进行激战，书院在混战中被毁；
1938年4月，日本战机轰炸湖南大学校园，岳麓书院部分建筑被毁；
1941年4月日机再次轰炸湖南大学，岳麓书院御书楼、半学斋、静一斋等处均中弹倒塌，文庙大成殿及孔子像被炸毁。
又如石鼓书院，建于书院始建于唐元和五年（810年），南宋开庆元年（1259年），书院毁于兵火；元末又毁于兵火；明朝末年，书院再次毁于兵火；1939年4月6日，日军空袭衡阳，石鼓书院被炸成废墟。
战乱面前，书院不能免于战火。这种破坏也是巨大的，每次被毁都是一次损失，而有的书院因为某次战火再也没有机会重建起来。
《礼记》有言“内乱不与焉，外患弗辟焉”，书院作为一种教育学术组织，身在这组织中的“人”可以说很大一部分有有着安邦定国的理想，在自身受到来自上层打压时多为服从，一者出于对上层的尊重，再者是并没有很强的反抗思想。不过在国家危亡时就会表现出很激烈的抗争，这也是出于自身的理想。
总的来说，在中国，书院自出现至没落，自身几乎没有形成强有力的势力，更不用说面对统治者的压制时进行反抗。值得一提的是，移植于中国书院的古代朝鲜书院出现了极端状况：
书院本身出现了霸占土地、集敛院奴、勒索‘祭需钱’、私征‘院保’（一种税金），庇护罪犯，参与党争， 以‘儒通’、‘ 清议’ 而干扰时政等种种弊端， 对国家经济收入、 兵役来源、 社会安定都构成重大的威胁，
这是宗主国中国的书院所不能想像的。
其实到现在，我都没有搞清书院到底是干啥的，和科举是什么样的关系。
还有所谓的官学和私学最后目的不都是做官么……
了解书院的历史还得看邓洪波的《中国书院史》以及各个书院自己的专史。
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