两江总督督的是江苏、安徽和江西三省的军政，马新贻能任此职，可见当时的他很得清政府的重用。
但是，马新贻却很倒霉，正当他意气风发地想要一展胸中的抱负之时，迎接他的却是一把刀，他爬到两江总督这个位置用了几十年，可是这把刀却只用了一秒的时间便终结了他的生命和事业。
马新贻临死之前的心情之悲怆，可想而知。
1870年8月22日，两江总督马新贻校阅军队训练后，悠哉悠哉地一步一步走回官署，当他准备跨过门槛步入官署的时候，一个人突然从旁蹿了出来。
这个人一边口呼请求“伸冤”以蒙蔽马新贻，一边则脚底生风般迅速奔向马新贻，正当马新贻想要开口问他何事的时候，他却抽出了一把刀刺向了马新贻，马新贻以一介书生遭此情形，还没来得及反应，便已经被刺中了右肋。
只听马新贻惨呼一声，倒在了地上，一动不动，鲜血直流。
两江总督官署中的人眼见马总督被刺，吓得后背发凉，急忙上前制服了刺客，刺客倒也坦然，只是嘴中不停地说：“大丈夫一人做事一人当，二十年后又是一条好汉。”
马新贻也被迅速送回府中医治，但因伤势过重，医生也束手无策，只能摇摇头叹叹气，马新贻挺到了第二日，终于没能继续挺下去，颇不甘心地咽下了最后一口气，再给他十年二十年，他的成就何至于此?
后来，经审讯问话得知，刺客名叫张汶祥，但是为何会刺杀马新贻，张汶祥对此却始终缄口不谈，只一口咬定出于私怨之故，虽然没几个人信，但是此案最后也只能以此结案，算是不了了之。
这便是轰动一时的“张汶祥刺马案”。
那么，马新贻被人刺杀身亡之前，他在两江总督任上干了什么，有何作为呢?
马新贻也算是一个人生得意的人，26岁考中进士得授官职，又因赶上太平天国运动这一千载良机而一路青云;42岁升任从二品布政使，43岁升浙江巡抚，从此掌一省军政数年;46岁升闽浙总督，掌闽、浙二省军政，时过半年，47岁的马新贻便调任两江总督。
两江总督一职，也成了马新贻一生的巅峰。
马新贻之所以在升闽浙总督仅半年时间之后，便能再上一层，升为两江总督，原因在于曾国藩一系势力攻破太平天国的“天京”，此后数年在此经营，势力可谓根深蒂固，后又传出曾国藩手下“劝进”之事，自然引起了慈禧的猜忌，所以不得不将曾国藩调离南京，然后调派同样在东南经营数年却又不是湘军一系的马新贻任两江总督一职，从而慢慢拔除湘军在“两江”的势力。
实际上，曾国藩也很识趣，自知受到了慈禧的猜忌，所以早便解散了湘军，只是湘军虽被解散，湘军势力却仍在，所以慈禧还是不放心。
如此一来，马新贻能够当上两江总督也算是捡了一个便宜。
1868年9月，马新贻调任两江总督，开启了他短短两年的两江总督生涯。
马新贻想在南京站稳脚跟，首先便得拔除湘军在南京的势力，想要达到这个目标，手上当然得有兵。
所以，他到了南京赴任之后，所走的第一步便是上奏清政府，让我弄点兵来训练训练!马新贻之所以要练兵，一则是为了慢慢消除湘军在南京的影响，二则是为了维护地方治安，所以清政府自然会支持马总督，马总督这一步走的也还算顺利。
马总督有了兵之后，便以迅雷之势打击犯罪，用最快的速度稳定了地方的治安环境。
两江之地，经十余年狼烟动荡，经济形势如何可想而知，虽有曾国藩、李鸿章出力整饬，可是仍然没有恢复过来，所以马新贻在两江总督任上所走的第二步便是恢复民生经济。
对于经济，马新贻首先便是上书清政府撤销“旱关”，只保留“水关”，所谓的旱关、水关实际上是地方政府为了多收税在陆、水之上所设立的税关，旱、水两关并存的话，商人入境等于是多交了一倍的税，如此一来，哪还有商人愿意来做生意?
马新贻这一政策，不仅整顿了地方政府乱设关卡收税的现象，也促进了商业的发展。
除了整顿税关之外，马新贻为了恢复两江经济所采取的另一更为关键的政策便是改革两淮盐政。
对于两淮盐政的改革，实际上曾国藩、李鸿章在任时已经开始了，马新贻上任之后就曾、李两人的政策进行了整改，只是很可惜，他的政策并没有取得理想中的效果。
此外，马新贻还处理发生于1869年的安庆教案。
当时安庆附院之外到处是约期拆毁教堂的揭帖，这自然触怒了洋人，所以洋人便向清政府施压，要求清政府查处散发揭帖之人，于是引发了考生和洋人之间的冲突，最后洋人狼狈而逃。
洋人逃了之后岂会罢休?所以，他们很快带着军舰来了，吓得清政府连忙点头答应了洋人的要求，给一块地给洋人，然后从重处罚安庆教案的“罪犯”。
马新贻代表清政府和洋人签订了《南京协定》之后，生怕洋人还不够解气，所以为了让洋人放心，又派人到处张贴告示，说洋人“有权在各省租买田地建造自便”，谁要是敢闹事，本官办了他!
马总督本已得到了清政府的信任和重用，如果没有发生张汶祥刺杀案的话，马新贻后来的成就或许不会差李鸿章多少。
只可惜张汶祥一刀刺过去，结束了他对未来的所有期待。
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