通常来说，掌握了天下之后必然会改朝换代，那么为何日本会出现非常特殊的幕府政体呢?而且还延续了数百年的时间。而这就要追溯到最早的第一代幕府将军源赖朝了。在源赖朝之前，其实也是有人出任过“征夷大将军”的，但是只有从源赖朝的“征夷大将军”开始日本才出现了幕府政治。
在治承·寿永内乱当中，源赖朝先后降服了甲斐武田氏以及消灭了木曾义仲、平家。之后又在“奥州征伐”灭了位于日本东北地区的割据势力奥州藤原氏，最终统一了日本。事实上，这样的统一严格来说只是武家的统一，毕竟在之前的几个势力都是依附于朝廷的。即便是奥州藤原氏也只是半独立状态的割据势力，所以对朝廷来说，日本一直都是统一的状态，大家都有一个共同的主子，那就是天皇。
根一般的印象不同，在源赖朝开创了幕府之后，其实天皇和朝廷并没有立马失去实权，成为傀儡，天皇权利的丢失是一个过程。幕府时期的日本其实是二元政体，幕府从朝廷获得了守护与庄园低头的任免权，其权利是来源于朝廷的，所以自然不会去颠覆朝廷。这些幕府所任命的庄园地头，其实并不是庄园的主人，而是直接对庄园实行了军事、裁决、税收、警察等权利的人，地头每年都需要按照一定程度的比例上交年贡给实际的庄园主人。
到了幕府后期，出现了很多乱党，这些乱党有着属于自己的领地，但是与幕府却没有主从关系，有很多领地都是新开发的新田。在南北朝和室町时期，守护与地头的实力开始逐渐扩大，室町幕府的权利就开始凌驾于朝廷之上，甚至还有能力插手到皇位继承上。不过这个时候的武家政治已经拥有了自己一套非常成熟独立的政治机构和行政班子，并且征夷大将军的任命还是由朝廷来完成，直至战国时期仍然存在着有支持南朝的残党存在。若是室町幕府的将军想要取代北朝天皇的话，只怕是会引来各地的揭竿而起。至于江户时代，有前几个武家政权做榜样，就完全没有必要取代天皇了。
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