清朝人口呈现爆发式增长，乾隆时期已达三亿，相对应的，需要更加以多种方式提升粮食作物的产量。清朝采取开垦荒地、移民边区及推广新作物，改进种植技术等方式以提高生产量。由于国内与国外的贸易提升，经济农业也相对发达。手工业方面改工匠的徭役制为代税役制。产业以纺织和瓷器业为重，棉织业超越丝织业，瓷器以珐琅画在瓷胎上，江西景德镇为瓷器制造业中心。清朝商业发达，分成十大商帮。其中晋商、徽商支配中国的金融业，闽商、潮商掌握海外贸易。清朝曾实施海禁政策，直到消灭明郑统治台湾后，才宣布展界开海，沿海对外贸易开始活跃，而货币方面则采银铜双本位制。康熙晚期曾为防止民变，一度推行禁矿政策，在一定程度上阻碍工商业的发展。
清朝人口在中国古代历史上为最高，其国内生产毛额（GDP）总量所占的世界比例在中国近三千年历史上也是最高的，据英国经济学家安格斯·麦迪森的研究，按照1990年美元价格计算，1820年清朝GDP总量为2286亿美元，占世界GDP总量的32.9%，中国人均GDP为600美元，当时经过第一次工业革命的英国人均GDP为1,706美元。据他研究，即便被认为是中国历史上经济最繁荣时代的宋朝，其GDP总量为265.5亿美元，才占世界经济总量的22.7%，宋代中国的人均GDP在450美元，略低于阿拉伯帝国阿拔斯王朝的人均GDP（621美元）；这两个地区皆超过当时西欧人均GDP（427美元）。这里仅表明购买力平价，与所谓财政收入是不同的概念，英国财政年收入在1830年代至1840年代在5000万英镑以下；不过，清朝GDP数值在1840年前凌驾于欧洲之上，这一说法基本得到普遍认同，但部分中国学者如刘逖仍认为麦迪森高估了中国历史上的GDP总量和人均GDP。因此，刘逖对麦迪森1600至1840年数据做了调整，认为1820年中国人均GDP在325美元，而非麦迪森说的600美元。
清代的土地仍可分为官田和民田两大类。清朝入关后，1644年顺治帝颁布圈地令。有主与无主地被满人圈占，统称“官庄”。大量农民不得不弃家逃亡，或者沦为新主人的奴仆。圈地主要执行三次，以北京附近的顺天、保定、永平、河间四府最为突出，直到1685年康熙帝宣布废止而终。至于全国其他原明朝皇室或地主的土地，清廷称其为“更名田”，分配给无地农民使用，或是被新地主霸占。据统计，这种土地的总数不下二十多万顷。清代也拥有不少屯田，屯区多在新疆、漠南等边疆地带。清帝推行令民垦荒的政策。使得华北、华中地区先后着令准垦，一些边疆如新疆、青海、海南、台湾、漠南等地区于清朝中叶先后实行开垦政策，而东北地区直到清朝后期才准许大量汉人前往开垦。
清代农业亦是历史亩产量最高的一个历史时期，秦汉时中国的亩产量为264市斤/市亩，唐代是334市斤/市亩，清以前亩产量最高是明代，为346市斤/市亩，清代的亩产量达到了374市斤/市亩，分别比汉代增加了41.6％，比唐代增代11.9％，比明的亩产量高了8％”，清代所编著的农书数量为之前所有中国朝代总和的2.09倍。另外，在清代的农书中，蚕桑类的农书共155部，而清以前所编写的蚕桑书有4部，反映了清代蚕桑生产和蚕桑技术发展的程度。
水利设施
清初，在康熙时期进行的多项水利兴修。明末清初，黄河、淮河下游堵塞，京杭大运河也受阻塞。康熙帝时大力修治黄河，任靳辅为河道总督，采用疏导和筑堤的办法将黄、淮故道逐渐修复，使这一带的农业生产在一段较长的时间里减少水患的威胁。1713年康熙帝成功修浚位于北京的永定河，使旧河两岸的“斥卤”变为膏腴良田。另外，雍正时修筑江浙海塘也是保护农田的水利工程。清朝的耕地面积于康熙时期逐渐提升[参 206]。江南、湖广与四川等地的土地比中原地肥沃许多，湖广更有“湖广熟，天下足”之誉称。
粮食作物
由于清朝人口成长超过可耕地发展速度，如何维持庞大人口有赖占城稻与一些新的粮食作物。占城稻在中国有一段长期的发展时间，到明清时期发展成五十日到三十日即可收获的品种，使得二次收获，甚至三次收获变成可能。此外早熟稻耐旱，可在高原或山坡地种植。从宋朝初期到清朝道光年间，稻米产量以及耕种面积都增加一倍。一些从美洲引进的粮食作物也开发许多原先不擅种植的地形，以提高粮食生产面积。例如比较干旱的高原有赖玉米与甘薯，更加崎岖的山地则依靠马铃薯。到嘉庆年间，这些高原都种满新一代的粮食作物。而河川沿岸的沙地则大量种植花生，约18世纪到19世纪才由南方推广到北方。
清朝粮食产量远超以往的历史时期，康熙二十四年，全国共有耕地六亿亩，到乾隆帝去世，全国耕地约为10.5亿亩，全国粮食产量则迅速增至2040亿斤。当时随英国马戛尔尼使团来中国的巴罗估计，中国的粮食收获率高于英国，麦子的收获率为15：1，而当时的欧洲，粮食收获率居首位的英国也仅仅为10：1。
法国汉学家谢和耐认为：“中国农业于18世纪达到其发展的最高水平。由于该国的农业技术、作物品种的多样化和单位面积的产量，其农业看来是近代农业科学出现以前历史上最科学和最发达者。”
赈灾政策
清政府在各省设有常平仓，储藏谷物以应付紧急需要，其幅度远远超过前朝。同时在全国设有灾害监测网，任何地方遇上灾害，政府便会利用附近常平仓的粮食来赈济灾民，以致清朝在鸦片战争之前从没出现过严重饥荒。康熙年间的外国传教士亦对清朝的治灾手法有所赞扬。
乾隆帝多次蠲除国家赋税钱粮，赈灾救济费用，在乾隆二十年之前达到2,500万两以上。乾隆十一年、三十五年、四十三年、五十五年共四次普免全国共计1.2亿两的赋税钱粮，次数高于康熙年间的一次。
经济作物
清朝的经济作物种植面积也逐渐扩大，促进商品经济的活跃。棉花在清朝已是十分重要的经济作物，其产地遍及全国，其中江苏、浙江、河北、河南、湖北、山东等地都是著名的产棉区，甚至连农业发展较晚的奉天，也成了外输地区之一。产棉量以河北保定一带，长江中下游的松江、太仓与通州一带，以及上海等地最大。烟草原产地是美洲，明中叶以后开始传入中国，最早的种植地区是福建。种烟草获利很高，重要产地以陕南汉中、城固，山东兖州，湖南衡阳等地为主。湖南的衡烟、陕西的蒲城烟、北京的油丝烟、山西的青烟、云南的兰花烟、甘肃酒泉的水烟（又名西尖），均负盛名。甘蔗产地以华中、华南为主，江南、四川与台湾等地的制糖业非常发达。蚕桑业以江苏浙江的苏州、湖州、嘉兴、杭州和广东的广州最为发达，已成为当地农民的重要生产活动。
清朝的手工业在康熙中期以后逐步得到恢复和发展。至乾隆年间，江宁、苏州、杭州、佛山、广州等地的丝织业都很发达。江南的棉织业、景德镇的瓷器都达到历史高峰。手工业分成官营与民营，由于工匠实行以银代役，所以顺治二年就下令废除工匠制度，官营缺乏必要的工匠而逐渐衰落。民间手工业兴盛，例如云南民间炼铜场十分发达。苏杭一带民间丝织中已有不少具有专门技术的人，站在一定的地方等待雇用。
制瓷业与纺织业
瓷器制作技术改进，产量也大幅提升。例如江西景德镇瓷窑所烧造的御瓷产量在雍正六年（1782年）时，一年之中生产十数万件御器。玻璃制造有较大的进步，清宫玻璃厂能生产透明玻璃和多达十五种以上的单色不透明玻璃，造型也丰腴美观。丝织技巧也有新的提高，出产的重要提花品种有妆花纱、妆花缎、妆花绢等。广东的“女儿葛”是广东增城的少女用一种葛藤的丝织成，质量极优。当时的棉织业以松江最为发达，技术最好，而染色、踹布业则以芜湖、苏州为最先进。
劳雇关系
清朝劳动者与雇主之间的关系，主要是通过买与卖来体现的。不仅全部劳动成果全归雇主，而且在人身上也很少自由。在这些行业中，劳动者的工资是“按件而计”的；而且按照工匠技术的高低和工作的繁简论定工价。劳动者所得的工资，已经是根据劳动的熟练程度来规定。劳动者也比过去有较多的自由。例如苏州丝织业作坊中的劳动者，“倡众歇作”，要求增加工价，可以“另投别户”，追寻较好的待遇。
在明清时期的农业和手工业进一步发展的基础上商业也很发达，商品货币经济空前活跃。由于农业中商品性生产扩大，农产品越来越多地变为商品，出现许多专门化的经济作物地区，为手工业生产提供原料，或者直接供应消费者。例如养蚕地区为调剂桑叶的供需，出现专卖桑叶的“青桑行”和“叶市”。一些经济作物如蔗糖行销国内外，茶叶于十八世纪输出激增。粮食作物除大量供给城市居民食用外，还有不小的部分用于酿酒、油和豆制品加工等。这些产品自然都是为供应市场而生产的。
清代城市工商业者的地位相对改善，明代以来匠人对国家人身依附的“匠籍”制度随之瓦解。国家对民营瓷窑、纺织工场及采矿等进一步放宽限制。大小城市各类作坊林立，苏杭的丝织，松江的棉纺织，景德镇的制瓷，佛山的铸铁等业名扬天下。
商业城市
商品性生产的发展，商品流通范围的扩大，促使一些新的工商业市镇的兴起和发展，例如汉口镇和朱仙镇就是位处交通枢钮点而兴起，而佛山镇和景德镇专司生产如丝绸、瓷器等高价值产品的城镇。至嘉庆年间，这四镇并称为“四大名镇”。其他兴起的尚有于江泾、震泽镇等等。许多重要城市如北京、苏州、江宁（今南京）等地，也更趋发达。例如北京的居民已不下百万，一切生活所需，都从商业渠道取得，不能一日无贸易。当时尚流行“天下四聚”的说法：“天下有四聚，北则京师（北京），南则佛山，东则苏州，西则汉口。然东海之滨，苏州而外，更有芜湖、扬州、江宁、杭州以分其势，西则惟汉口耳。”
农业与手工业的发展为商业繁荣奠定基础，扬州、苏州、南京、杭州、广州、佛山、汉口、北京，成为全国八大商业城市。中小城市星罗棋布，取得比前朝更大的成就。
商帮
与此同时，金融业与贸易业发达，商人分成十大商帮。其中晋商、徽商支配清朝的金融业，闽商、潮商掌握海外贸易。广州的行商与扬州的盐商都是最阔气的商人，山西商人掌控全国银号。
清朝货币大体上采白银与铜钱并用的银铜双本位制，大数用银，小数用钱，但银的地位更见重要。因海外贸易发达，白银大量从国外输入，康雍乾盛世流通的外国银元除西班牙银元外，还有葡萄牙银元、威尼斯银元、荷兰银元、法国银元等。鸦片战争前后，需要固定形式的银币出现，正式使用机器铸造银币则是鸦片战争以后的事。鸦片战争前，由于英国将大量鸦片销入中国，导致中国白银大量外流，需要更多的铜钱才能换取白银。由于白银是百姓纳税的固定货币，这带动通货膨胀，严重恶化经济。使得曾经于1651年顺治帝发行纸币，到1853年咸丰帝又发行大清宝钞与户部官票等纸币，以稳定清朝经济。
清廷在初期平定明郑前对于民间海外贸易厉行海禁政策；对于外国来华贸易，仍沿袭明代的朝贡制度加以控制。最初与清朝发生朝贡关系的，主要还是南洋和东南亚诸国，但有许多限制，如贡期和随贡贸易的监视等都作严格的规定。对于西方国家来华商船的限制就更严。只许它们停泊澳门，与澳门商人进行贸易，每年来华贸易的大小船只，不得超过二十五只。1685年才允许外商到前述口岸通商。
清廷平定明郑后放宽海禁，在“粤东之澳门（一说广州）、福建之漳州府、浙江之宁波府、江南之云台山”分别设立粤海关、闽海关、浙海关、江海关作为管理对外贸易和征收关税的机构。江浙闽粤四大海关总领各自所在省的所有海关口岸，通常下辖十几至几十个海关口岸，并准许外商在指定口岸通商，逐步建立一套管理外商来华贸易的制度，主要有公行制度和商馆制度。浙江、福建与广东地区盛行海外贸易，人民时常与日本、琉球、东南亚各国及葡萄牙、西班牙与荷兰等西洋各国展开贸易。到18世纪还有英国、法国与美国参与其中，当中英国几乎独占对华贸易。西洋各国与日俱增的需要清朝的丝绸、茶叶与甘蔗，然而清朝对西洋事物需求不大，使得中国对外贸易呈现大幅出超的情形。大量银元流入中国，增加货币流通量，刺激物价上涨，促进商业繁荣。在此期间，中国沿海以泉州、漳州、厦门、福州与广州先后崛起，成为贸易大城，操控对外国际贸易。汉学家杜赫德认为，在清朝国内贸易的极盛时期，整个欧洲的总贸易量也不能与中国抗衡。
据西方文献记载，清朝时期的中国各省被比喻为欧洲诸国，各自拥有自己丰富且多种多样的特产进行贸易，如湖广省和江西省专门向所有不产大米的省份提供大米；浙江省出产最优质的丝绸；江南盛盛产漆料、墨水，以及各种有趣的小作坊；云南省、陕西省、山西省出产铁、铜还有其他各类金属，还富有马、骡和毛皮生意等等；福建产糖和最好的茶叶；四川盛产植物、药物、像大黄等等，而且都倾向于联盟保护的形式，在所有的城市里也一样。清朝官员在商业界里都拥有自己的股份／分成，同时亦惠及平民百姓。清朝的市集亦相当繁华，中外商家贸易往来频繁，外国商人对中国商人的诚实也有深刻的良好印象。
清朝在康熙年间部分主要与近邻国家或地区贸易的进出口货品如下：
清朝从日本出口的商品：各种药材、白糖、水牛、各类刺绣、木料类等；
清朝从日本进口的商品：珍珠、紫铜棒、日本刀具、花纹装饰的纸张、瓷器、日式工艺品、金等；
清朝与马尼拉的交易商品：大量的丝绸，各类刺绣，地毯，茶叶，瓷器，各种药材等；
清朝从巴达维亚（今印尼雅加达）进口的商品：银、各种香料、玳瑁、木材、玛瑙玉石、琥珀、欧洲布料等；
清朝向欧洲出口的商品：上等药材、各色各样的茶叶、金色棉线、麝香、珠宝玉石、水银、瓷器等。
另外，当时期清朝与欧洲贸易最为重要的商品为日式工艺品、瓷器以及各类丝绸；清朝亦有将从欧洲进口的布匹转销至日本。
乾隆年间虽有10年的“南洋海禁”和在乾隆二十二年（1757年）禁止西洋商船前往闽、浙、江三海关贸易的阻碍和影响，但中国的海外贸易并未因此停顿或萎缩，而是不断地向前发展，其规模和贸易总值超越前代，在清朝乾隆十年期间，四港贸易额总值达到36,571,777两，是前朝最高时期的三十五倍，仅广州一地，贸易额就是前朝全部贸易最高额的十余倍。18世纪时期中国海外贸易的鼎盛还为荷兰东印度公司带来危机感。
乾隆二十二年（1757年），由于外商频年不断的掠夺和违法行为，清廷只保留广州一地作为“番商”如英国、荷兰、葡萄牙、西班牙等西洋商人的通商出口处，而江、浙、闽三个海关在乾隆、嘉庆和道光期间虽有所限制，但在某程度上亦有继续正常履行其管理对外贸易的职能。到十九世纪，英国在印度种植鸦片，并且大量销往中国。这使得中国对外贸易逆转为入超。鸦片的问题引爆鸦片战争，中国战败后门户大开。南京条约不但开放厦门、上海、宁波、福州、广州等五口通商口岸给外国人。随后陆续的不平等条约使外国人大量来华投资，并且建立租界，加速对清贸易。
清朝自康熙至乾隆，虽然总体上对于佛教（藏传佛教除外）较为冷淡，不过对于稳定社会仍有一定的帮助。乾隆：“彼为僧为道，亦不过营生之术耳。穷老孤独，多赖以存活。其劝善戒恶，化导愚顽，亦不无小补。”清朝皇帝多与僧人来往，顺治帝先后与名僧憨璞性聪、玉林通琇、茚溪行森和木陈道沁等互相交流，顺治本人曾削发打算出家，他所宠爱的董鄂妃在他的影响下也栖心禅学。再如康熙在外出巡，每往名山巨刹，为之题字撰碑。雍正喜读《金刚经》，也多与佛教徒往来，选编语录，俨然以禅门宗匠自居。
不过佛教无限制的发展，对统治者也有不利之处，如果太多人民出家，政府征税的对象就会减少，寺院上层兼并土地，发展寺院经济，就会加强土地集中的程度，激化社会矛盾，一些犯法的人，往往藏身寺庙作为躲避惩罚的手段，某些“聚众为‘匪’之案”，甚至“多由‘奸邪’僧道主谋，“平时‘煽惑’愚民，日渐酿成大案。”，因此清朝一方面保护佛教，另一方面又对之加以限制。清朝限制佛教的办法主要有三种，设置僧官、实行度牒制度与不许擅造寺庙。佛教在限制下仍有一定影响力。佛教各派，除了禅宗还算盛行之外，其精神日趋世俗化，宗风也随之衰落。另外如净土宗、律宗、也仅能保持典型。乾隆时，曾禁止各地建立新寺院，民间出家为僧者也受限制。士大夫虽喜谈佛学，但只是谈论佛理，没有兴隆佛教的意愿。
清朝为笼络内外蒙古、青海、西藏外族，优礼和尊崇藏传佛教（亦称喇嘛教），顺治八年，特于北京建造一大喇嘛庙，度喇嘛一百余人，皆内府诸旗王公属下满州人。雍正帝曾得喇嘛之助继位，之后以其潜邸改建为雍和宫大喇嘛庙，成为北京也是当时中国最大之喇嘛庙。雍正五年，又为蒙古之哲布尊丹巴呼图克图，建大喇嘛庙，发帑银十万两之多。并尊哲布尊丹巴为喀尔喀大喇嘛，其地位与西藏之达赖、班禅鼎立为三，后世称为“活佛”。乾隆帝曾经把藏传佛教作为解决现实社会矛盾的方法不过也以理藩院来控管其发展。藏传佛教虽然表面上受到君王的礼遇，不过事实上不像元明前两代如此兴旺，乾隆末年发生川楚教乱，使藏传佛教渐走衰落之途。
道教在宋朝最为盛行，之后元明两代对其仍为优遇，到了清朝，帝室虽然也信奉道教，但不如前代之盛行，清朝对道教的政策与对待其他宗教一样，既保护又加以控制。清朝的道教在明朝衰落的基础上，进一步走向衰落。其主要原因如下：
满族统治者对道教素无信仰，他们在入关前尊奉藏传佛教格鲁派，乾隆时又宣布黄教为国教
清朝在思想上更加重视程朱理学，宣扬“忠”“孝”观念，以束缚人们思想，麻痹人们斗志。他们收罗一些理学家，如李光地等，纂修性理精义等书，颁行天下。而这些理学家则对释、道两教进行攻击。
基督教传入中国后，也使部分群众改信其教。
民间秘密宗教的发展，这些民间宗教往往是正统道教的流衍，因此道教实际上慢慢演变成这些民间宗教。
衰落最根本原因是时代发生急剧的变化。商品经济的发展，生产水平的提高，世界交流的频繁，科学技术的传入和进步，新文化、新思想的兴起，这些衰落的表形，使其在政治上的地位日益下隆；另外道教教义学说陈陈相因，已停滞不前；道教上层人物日益腐化，失去群众；道教也与儒佛两教教日趋融合，使其自身的特点日益消退。
由于正统的道教逐渐衰落，促成民间宗教的崛起。其为道教的变种与流衍。因为他们被统治者视为“邪教”，而只能秘密传播，但传播的范围却很广泛这些的民间宗教，名目不下数十百种。
民间宗教的思想内容，大量抄袭佛、道、儒等各家的教义，但也有不同之处。其中最多宣传的东西，是关于弥勒等神佛下凡和劫变的观念，以及关于“真空家乡，无生父母”的信仰。民间宗教的所有这些宣传，无疑是一种封建迷信，表达人民的不满和抗议，它给人们以安慰和希望，在一定程度上反映人们要求改变现实愿望，因此容易被人民所接受，可以成为组织，号召贫苦群众参加起义的工作。有些民间宗教，还有明确的“反清复明”思想，如清茶门教宣传，“清朝已尽，四正文佛落在王门；胡人尽，何人登基；日月复来属大明，牛八元来是土星。”这些民间宗教如白莲教与天地会，在清朝中叶以后，发动许多起义活动，如：川楚教乱、林爽文事件等等，对清朝国力造成很大的损伤。
从元朝开始，西域伊斯兰教教徒大量来到中国各地，穆斯林居住于甘肃、陕西、四川、山西、直隶、广东、云南等省。清廷对伊斯兰教采取放任的态度，尊重他们的信仰，用他们的法律来处理纷争，但是比起元、明前两代来说较为没落，清朝防制回人的法律极严，内地各省，回人犯法，判罪较一般犯人为重，凡罪当流徒，一般人民可申请存留养亲者，回民却不得申请。在回疆，清朝每于重要所在分建汉、回二城，限制回民的自由，并禁止汉回通婚，在公文书中，则民、回别称，表示将回民排斥于一般平民之外。
由于受到清朝及汉人的压制，在清朝统治期间，清朝末年时，甘肃、陕西、云南这三省曾发动叛乱。康熙顺治年间，甘州回民丁国栋、米喇印起兵造反，乾隆年间的大小和卓之乱，嘉庆年间张格尔据浩罕叛，道光同治年间的陕甘回变与云南回变一时俱起。
满清入关后，汤若望、南怀仁等教士，先后被任命为钦天监主要官员，他们利用职务之便来传教，虽然一度受到康熙历狱的打击，不过随着康熙帝开始亲政后，翻案成功重新执掌钦天监来继续传教，康熙帝对于天文历算、火炮之学很有兴趣，曾叫传教士徐日昇、白晋等人轮流进讲。并以他们担任通译及处理外交事务。如：徐日昇、张诚随索额图参加中俄尼布楚条约谈判，充当翻译和参谋。清朝对定居中原的西方传教士采取礼遇态度。其中，顺治帝特别倚重德国耶稣会士汤若望，并尊其为“玛法”（满语“爷爷”的意思）。在随后的一百多年前，钦天监皆由耶稣会士掌管。
耶稣会传教士对于中国原有的风俗习惯，抱持容忍态度。教徒祭天、祭祖、祭孔者盛行，虽然与教义互相冲突，但都以默忍。不过到了17世纪末至18世纪初，天主教内部发生“礼仪之争”。依照道明会传教士的指控，罗马教宗下令禁止的传教士使用耶稣会的中文词汇“天”和“上帝” 来称呼天主，也禁止中国信徒祭拜祖先与孔子。这与当初意大利传教士利玛窦以及其后的传教士在中国传教时所采取的本土化政策截然相反。清政府对此十分不满，认为这样做有违中国敬孔祭祖的传统。康熙帝于1700年批示说：“敬孔敬祖为敬爱先人和先师的表示，并非宗教迷信”。
双方争持不下，最后清廷下令必须遵循“利玛窦规矩”传教，不然就不准传教，逐出中国，是为“禁教令”。1722年，雍正帝彻底推行禁教令，使得清朝初年西方基督教在中国传教被终止，到了道光帝时，连钦天监也不任用传教士。不过清朝皇帝对于教禁并没有彻底禁止，嘉庆年间（1807年），新教教士英国人马礼逊，曾藉工作之便私下在广州进行传教的工作。
鸦片战争后，清廷虽并未正式撤销禁令，但基督教的传教自由已经由不平等条约获得确认，于是欧美各地的基督教教士在西方列强的庇护下进行宗教活动，基督宗教传播更为迅速。除了传教之外，设立医院和学校，对于中国文化和社会的演进，发生巨大的影响。不过有些西方传教士拥有种族优越感，以争议手法传教，如不理会传统社会阶级之分、强占土地（强行索回雍正禁教时遭没收的土地房产）、袒护教徒干涉司法审判、下令教徒不得分摊并参与地方集体祭祀活动、直接要求北京政府撤换省级官员，甚至一些犯罪之人也借由信教取得司法保护，引起中国人的反感，因此民教冲突不断；加上民间以讹传讹的负面谣传，最终导致许多民众则愤而纷纷起来焚烧教堂，驱逐或甚至杀害传教士，收回被侵占的土地财物。从1856年至1889年先后发生的教案多达三百多起，著名的有1870年的天津教案，1900年的义和团之乱期间，有数万民中西方传教士与基督教信徒惨遭杀害。
清朝统治中原后，推行的汉化政策比其他征服王朝还要深，然而清室也尽可能保留本族文化，并且维持本身文化与汉文化的平衡 。清初以来，所有施政文书都以汉文、满文两种文字发布。自康熙起大力推行以儒学为代表的汉文化，汉传统经典成为包括皇帝在内的满族人必修课。到乾隆中期，满人几乎全部以汉语为母语，满文渐渐成为仅用于官方历史记载用的纯书面文字。到19世纪，官方文件中的满文已基本为汉文所取代。然而儒家的一些思想清朝皇帝没有完全接受。
在18世纪康乾盛世期间，欧洲前往中国的传教士们将当时中国图景呈现给欧洲人，而后引发在17世纪末至18世纪末的100余年间，甚至直到19世纪初，欧洲吹起中国风。无论是在物质、文化还是政治制度方面，欧洲都对中国极为追捧，以至于在1769年曾有欧洲人写道：“中国比欧洲本身的某些地区还要知名。”对中国风的狂热追逐曾经是当时欧洲社会的普遍时尚。这种时尚渗透到欧洲人生活的各个层面，如日用物品、家居装饰、园林建筑等。1735年，法国神父翻译并发表法文版《赵氏孤儿》后，造成非常轰动的中国戏剧热。西方对当时的中国也存在负面的声音，认为中国朝廷过于独裁与专权。乾隆末年英国派遣马戛尔尼出使清朝，在佩雷菲特笔下的马戛尔尼本人认为：“人民生活在最为卑鄙的暴政之下，生活在怕挨竹板的恐惧之中，所以人们胆怯、肮脏并且残酷”，而马戛尔尼本人的日记却如此记载：“中国政府的行政机制和权力是如此的有组织和高效，有条件能够迅即排除万难，创造任何成就”。马戛尔尼访华团成员之一的爱尼斯·安德逊却如此评价：“杀头案在中国是非常少见的。关于这问题，我甚为注意而且好奇地去打听，一有机会就向人探问，我不只问过一个人，有好几个人，至少有70岁高龄的老人，他们从未见过或听到过有杀头处刑的事……比较轻的刑事案，在这人口非常多、商业又发达的国内也不常有”；“走过的乡村（北京郊区）前后每1英里路上的人数足以充塞我们英国最大的市镇”；“这城市（广州城）的街道一般是15英尺到20英尺宽，用宽大的石板铺砌，房屋超出一层的很少，用木材和砖建筑。商店的正面大门之上有漂亮的阳台，因而门前形成一街檐，用各种油漆装修得很美丽”；“……这个马车队伍停歇在一个大市镇内，镇名“吉阳府”。说它是人口稠密，则我又用了这冗繁的语词，这语词可以同样应用于整个帝国，如每个村庄、市镇、城市；不，每一条河流和河流的两旁也充满了人。在这国家里，在我们所经过的地方，人口是极为众多而且是到处是那么多：我们走过的乡村前后每1英里路上的人数足以充塞我们英国最大的市镇，道路两旁不少别墅田庄散布在田野之间，大为增色，也足以证明其富裕”；“……不能不对这位伟大、显赫、聪明、慈善的中国皇帝致以崇高敬意。他治理中国60年之久，按他的百姓的普通呼声，他对他们的康乐与兴旺从未忘怀。在他管理司法方面的情况是：他保护他的百姓中最低微的人”。
清朝学术兴盛，文人学者对明朝以前各朝代的种种学术都加以钻研、演绎而重加阐释，集历代之大成，梁启超称清朝为中国的“文艺复兴时代”。鉴于晚明政治腐败、内忧外患不断，宋明理学流于空泛虚伪，致使清初学者多留心经世致用的学问。明朝亡于流寇、清朝定鼎中原后，一时学者痛定思痛，排斥空谈心性的宋明理学与阳明学，推究各朝代治乱兴衰的轨迹，提出种种改造政治与振兴社会的方案，使清初学术思想呈现实用主义的风气，发展出实事求是的考据学。
考据学
考据学又称为“朴学”，强调客观实践，有疑问时求证，具有科学精神。考据学专研训诂、音韵和校勘等。而其治学远宗两汉的经师，有异于宋明理学，故又称为“汉学”。以顾炎武、黄宗羲、王夫之并为明末清初三大儒，与方以智、朱舜水等人并称清初五大师，颜元也是这一时期的大师。顾炎武提倡“经学即理学”，提出以“实学”代替宋明理学，要学者直接研习六经。提倡“天下兴亡，匹夫有责”，著有《日知录》、《音学五书》等，其学说发展成乾嘉学派。黄宗羲有“中国思想启蒙之父”之誉称，著有《明儒学案》、《宋元学案》，是中国学术史之祖。他保护阳明学，排斥宋明理学，力主诚意慎独之说，蔚为浙东学派。王夫之强调实际行动是知识的基础，认为历史发展具有规律性，是“理势相成”。其思想发展成船山学，后人编为《船山遗书》。
民主思想
以民为天下之主的思想于明末清初亦有所流行，例如生活在明末又经历清初时期的黄宗羲和顾炎武、王夫之提倡民权，所著的《明夷待访录》攻击君主专制体制，提倡天下为主，君为客的观点，倍受清末革命党的推崇。部分学者认为黄宗羲的思想是近代民主主义的思想，有西方学者称黄宗羲为“中国自由主义的先驱”。清初思想家唐甄所著《潜书》描述：“清兴五十年来，四海之内，日益困穷，农空、工空、市空、仕空（值得一提的是，清初五十年期间正处于气候最为异常之时，当时世界上多处亦发生罕见的大饥荒）。”，并指出皇帝是一切罪恶的根源，认为“自秦以来，凡帝王者皆贼也。”
被当时正纯学者（儒生）斥为“名教罪人”、“丧心病狂”、“人可戮而书可焚”的袁枚追求自由个性，反对专制思想和理学，亦贬斥汉学，他亦针对清廷统一人心风俗政策说“物之不齐，物之情也，天亦不能做主，而况于人乎？”，但袁枚从来没被追究过“害义伤教”之罪，在当时亦生活得颇为顺畅，名倾一世，令人羡慕。
六经皆史
清代中期的考据学崇尚研究历史典籍，对中国历史从天文地理到金石铭文无一不反复考证。当时分成吴、皖两派。吴派以惠栋父子、段玉裁、王引之与王念孙为主，以“博学好古”为宗旨，恪守儒家法则；皖派以戴震为首，以“实事求是”、“无征不信”为宗旨。他们“毕注于名物训诂之考订，所成就亦超出前儒之上”。桐城派健将姚鼐提倡“义理、考据、词章，三者不可偏废。”道光与咸丰年间，曾国藩又把经济与义理、考据、词章并列。然而考据学到后来过分重视琐碎事物的探究，为学问而学问，知古不知今。当时章学诚提出“六经皆史”，注重六经蕴含的义理，并使用于当代政治上，意图矫正此歪风。鸦片战争后，西学大量流入中国，考据学逐渐式微。
西方技术与思想
明末清初，随着欧洲耶稣会传教士来华，西学输入中国，对于当时的学风由浮虚转为务实，也是有相当的激励作用。他们将西方科技介绍给中国人，扩大其知识领域，使中国的学术思想添增不少新成分。
当时有才华的传教士被皇帝欣赏和重用，西方先进的科学技术也被推崇和应用。而在民间，民人与西方传教士能够互相交游，西学在社会中得以自由传播，由康乾皇帝敕辑的丛书《古今图书集成》和《四库全书》亦收录传入中国的西方科学技术，当中《四库全书》收录了24种西方传教士的著述。
康熙帝亦曾经委派传教士闵明我(Domingo Fernández Navarrete)返回欧洲招募人才，希望增进中西方科技文化交流。《四库全书总目》以及乾隆帝亦对西方技术作出较高的评价：“西洋之学，以测量步算为第一，而奇器次之。奇器之中，水法尤切于民用，视他器之徒矜工巧，为耳目之玩者又殊，固讲水利者所必资也”；“欧罗巴人天文推算之密，工匠制作之巧，实逾前古”。
鸦片战争之后，大量西方科技与思想带动中国近代化革新。此时学者如龚自珍、魏源与康有为等人继承章学诚的说法，并进一步要求改革祖宗的法制，来应付内忧外患的局势。龚自珍讲求经世之务，志存改革，追求“更法”。魏源的《海国图志》主张“师夷长技以制夷”，冯桂芬的《校邠庐抗议》主张“以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”。康有为与梁启超主张君主立宪。他们吸收来自西方的知识，先后推动自强运动与维新运动，这一波改革风潮最后引发清末新政与辛亥革命。
清朝文学多元发展，兼容并包历代之文学特色。明朝以前的文学发展多表现在声韵、格律、句法、结构的因袭或创变；清朝承接各代文学成果，先后形成许多学派，将各种在明朝以前已式微的文体重新复兴，并继明末进一步发展各类小说、戏曲；另外，因不同地区、民族互动而呈现出语言风格多样化之文学面貌，于古体诗、近体诗、骈体文、散文、赋、词、曲、小说、戏曲皆然。由于语言转变较微妙，往往被人忽视，造成清朝文学缺乏明显特征与创造力的一般印象。整体而言，清代文学面向相当复杂多样，但质量上也良莠不齐。
散文
清朝前期出现风格率真、浪漫的小品文，以张岱、李渔与袁枚为主；又有侯方域、魏禧、汪琬合称“清初散文三大家”。但是他们的文风不受道学学者支持，这些学者发起复兴唐宋文风的古文运动，此即桐城派。创始人方苞与刘大櫆、姚鼐有“桐城三祖”之称。姚鼐是桐城派的集大成者，他的古文主张，在提倡“义理（内容合理）、考据（材料确切）、词章（文辞精美），三者不可偏废。”讲究义法，提倡义理，要求语言雅洁，反对俚俗。后来曾国藩发展成湘乡派，恽敬、张惠言发展成阳湖派。
诗
清朝的诗风甚盛，以帝王、宗室为首，官方大力提倡诗学，自清圣祖以后诸帝主导官修《御定全唐诗》、《御选唐诗》、《御选宋金元明四朝诗》、《御定全金诗》、《御定佩文斋咏物诗选》、《御定历代题画诗类》、《御选唐宋诗醇》、《钦定熙朝雅颂集》、《御定千叟宴诗》、《钦定千叟宴诗》、《钦定重举千叟宴诗》、《上书房消寒诗录》、《三元诗附三元喜宴诗》、《御定历代赋汇》以及各代皇帝之《御制诗集》，如清高宗酷爱作诗，一生作《御制诗》五集，共计十余万首，每作一首诗便令词臣注释，若词臣不得内容原委则准许其回家查阅典籍，多罗安郡王玛尔浑选宗室王公诗为《宸萼集》。皇帝也将诗咏作为联系、拢络官员的方式。
在清代，写诗的女性越来越多，且诗的创作者皆来自各行各业。清代是一个文学收藏和批评的时期，许多现代流行版本的中国古典诗歌都是通过清朝诗集传播的，如《全唐诗》和《唐诗三百首》等。
清初诗家首推钱谦益、吴伟业与王士祯；康熙中后期，江南地区出现王式丹、吴廷桢、宫鸿历、徐昂发、钱名世、张大受、管棆、吴士玉、顾嗣立、李必恒、蒋廷锡、缪沅、王图炳、徐永宣、郭元
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